Горацио Пагани, некоторое время работавший в отделе композитных материалов компании Lamborghini, в 1988 году основал компанию Pagani Composite Research. Новая компания сотрудничала с Lamborghini в реализации нескольких проектов, в частности над рестайлингом Lamborghini Countach, приуроченным к 25-й годовщине модели, разрабатывала концепт-кар Lamborghini P140 и участвовала в работе над Lamborghini Diablo. В конце 1980-х годов Пагани начал работать над автомобилем собственной конструкции, назвав его «Проект C8». Пагани планировал переименовать C8 в «Fangio F1» в честь пятикратного чемпиона Формулы-1 Хуана-Мануэля Фанхио.
В 1991 году для удовлетворения высокого спроса на свои дизайнерские и проектные работы и услуги по созданию прототипов Пагани основал компанию Modena Design. В 1992 году он начал работать над прототипом Fangio F1, и в 1993 году машина успешно прошла тесты в аэродинамической трубе компании Dallara. В 1994 году Mercedes-Benz согласился поставлять Пагани двигатели V12.
Получившийся автомобиль был назван Zonda C12. Из уважения к памяти скончавшегося в 1995 году великого гонщика Пагани отказался от названия Fangio F1. Машина была впервые представлена публике на Женевском автосалоне 1999 года.
В 2005 году компания Pagani объявила о планах утроить производство в течение ближайших трех лет и в 2007 году выйти на американский рынок.
25 сентября 2007 года Pagani Zonda F Club Sport установила рекорд трассы Нюрбургринг — 7 минут 27,82 секунд, однако позднее этот рекорд был побит другими автомобилями — Maserati MC12, Chevrolet Corvette ZR1 и Dodge Viper SRT10 ACR.
В 2010 году Pagani вновь вернули себе рекорд — гоночный Pagani Zonda R прошёл круг за 6:47.5.