Сюжет Arkham City начинается примерно через год после событий Arkham Asylum. Квинси Шарп, бывший главный надзиратель психиатрического дома Аркхэм, заработал огромную известность за поимку Джокера и пользуясь этим стал мэром Готэма. Так как Аркхэм и тюрьма «Блэкгейт» были не в состоянии содержать заключённых, то новый мэр первым своим делом выкупил огромную территорию трущоб Готэма. Он создал там тюрьму под названием «Arkham City», а по периметру этой территории поставил хорошо вооруженный отряд наёмников «Тигр», которым был отдан приказ стрелять на поражение при попытке побега. Заключенные прибывшие в «Аркхэм-Сити» предоставлены сами себе, пока не попытаются сбежать. Для осуществления надзора за заключенными Шарп нанял на пост надзирателя психиатра Хьюго Стрэнджа. Многие были недовольны таким развитиям событий, в том числе и Брюс Уэйн. Бэтмен постоянно присматривает за новой тюрьмой, опасаясь, что всё может выйти из-под контроля. В планах строительства Аркхэм-Сити, есть потайная комната соединяющая его с кабинетом Шарпа в психбольнице Аркхэм. По ходу сюжета, Джокер отравляет Бэтмена Титаном, что бы побудить его найти противоядие. Бэтмену удается найти противоядие с помощью Мистера Фриза и проникнуть на базу Стрейнджа. Там Уэйн узнает что на самом деле за строительством Аркхем Сити стоит Рас Аль Гул, который намеревался взорвать Аркхем Сити вместе со всеми его обитателями. Рас убивает Стрейнджа, так как он ничем не отличается от других злодеев. Перед смертью, Хьюго активирует бомбу, которая была на базе. Бэтмен и Рас Аль Гул успевают выпрыгнуть, за секунду до взрыва. В полете Рас пытается убить Бэтмена, но погибает, проткнув себя своим мечом.